ในสภาพดินป่า ซึ่งถือว่าเป็นดินที่มีความอุดมสมบูรณ์ที่สุด ไม่ต้องการปัจจัยจากภายนอกเข้าไปเสริม ไม่จำเป็นต้องพึ่งพิงสิ่งใด เพียงแต่ระบบนิเวศน์ทุกอย่างอยู่ในความสมดุล มีความชื่นที่พอเหมาะ มีแสงสว่างที่พอดี มีเศษซากพืชซากสัตว์ และมีจำนวนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย ทุกสรรพสิ่งดำเดินชีวิตไปตามธรรมชาติ พื้นดินก็มีความอุดมสมบูรณ์ ต้นไม่ก็สามารถเจริญเติมโตแข็งแรง นับเป็นตัวอย่างที่น่าศึกษาสำหรับชาวเกษตรกรทุกท่าน จุดที่น่าสนใจเป็นอย่างมากหากเกษตรกรจะทำการเรียนแบบเพื่อนำมาปรับใช้ในแปลงเกษตรของตนเอง คือเรื่องความชุ่มชื่นของดิน จะสังเกตุได้ว่าดินป่า มักจะมีเศษซากใบไม้ปกคลุ่มอยู่ตลอด แถมยังมีร่มเงาต้นไม้คอยบังแสงแดดที่จัดจ้าน ไม่ให้มาแผดเผาหน้าผิวดินโดยตรง จากการวิจัยพบว่าสภาพแวดล้อมที่ดีและมีความเหมาะสมอยู่ในอัตราส่วน 7:3 คือมีร่มเงา 7 ส่วน และมีแสงอาทิตย์ 3 ส่วน ดังนั้นแปลงเกษตรที่ดีจึงควรจัดการให้มีพืชคลุมดินอยู่เสมอ หรือใช้วัสดุต่างๆ มาคลุมดินไว้ เช่น ฟางข้าว ใบไม้ เป็นต้น เมื่อสภาพแวดล้อมต่างๆ ของแปลงเกษตรมีความชุ่มชื่นเหมาะสม ก็จะเริ่มเกิดสิ่งมีชีวิตต่างๆ ขึ้นในดิน เชื้อราจะเป็นจุลินทรีย์พวกแรกๆ ที่เข้ามาอยู่อาศัย ตามมาด้วยสัตว์ชนิดอื่นอีกมากมาย เช่น จุลินทรีย์ชนิดอื่นๆ ใส้เดือนฝอย ใส้เดือนดิน จิ้งหรีด แมงกะซอน ฯลฯ

งานวิจัยส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องกับจุลินทรีย์ มักจะมีการวิจัยผลิตและพัฒนาเพื่อเป็นการค้าเสียส่วนใหญ่ ซึ่งหมายความว่าจะมีการผลิตเป็นจำนวนมหาศาล เพราะต้องการให้คุ้มกับการลงทุนและการทำการค้า และที่สำคัญจะมีการแยกเอาเฉพาะจุลินทรีย์ชนิดใดชนิดหนึ่งที่เก่งและดีเท่านั้นเอง จึงทำให้เกิดความไม่หลากหลาย ยิ่งมีการต่อเชื้อหลายๆ รอบ เชื้อที่ได้ก็อ่อนแอ ขาดการปรับตัวเข้ากับสภาพแวดล้อม และเนื่องจากต้องผลิตออกมาเป็นจำนวนมากๆ เชื้อที่ได้ก็อาจจะเก็บไว้นาน หมดอายุ ซึ่งก็เป็นปัญหาอย่างมากที่ทำให้เกษตรกรบางคนเอาไปใช้ได้ผล อีกคนเอาไปใช้ไม่ได้ผล หรือซื้อหัวเชื้อมาแต่ละครั้งก็มีคุณภาพไม่เหมือนกัน

จุลินทรีย์ท้องถิ่นในที่นี้หมายถึง จุลินทรีย์ที่มีการเจริญเติบโตในธรรมชาติ ตามสภาพแวดล้อมที่มีการเปลี่ยนแปลงตลอดเวลา บางครั้งร้อน บางครั้งหนาว บางครั้งแห้งแล้ง แต่บางครั้งเกิดภาวะน้ำท่วม ฤดูกาลที่มีการผันเปลี่ยน ทำให้จุลินทรีย์เกิดการปรับวิวัฒนาการของตนเองให้ดำรงอยู่ได้อย่างแข็งแรง มีจำนวนมากและมีชนิดที่หลากหลายสายพันธุ์ บางชนิดต้องการออกซิเจน บางชนิดไม่ต้องการ บางชนิดต้องการแสงสว่าง บางชนิดไม่ต้อง เกิดการพึ่งพิงกันเป็นห่วงโซ่อาหาร เป็นระบบนิเวศน์ที่สมดุล ที่เป็นไปเองตามกลไกของธรรมชาติตามสภาพแวดล้อมของท้องถิ่นนั้นๆ

ในสภาพแวดล้อมของท้องถิ่นที่เหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ ซึ่งเป็นที่ที่จุลินทรีย์ได้พัฒนาสายพันธุ์ของตัวเองจนเข้มแข็งในระยะที่ยาวนาน โดยส่วนใหญ่จะเป็นพื้นที่ป่าที่อุดมสมบูรณ์ ที่ใกล้เคียงหรือมีสภาพภูมิอากาศใกล้เคียงกับแปลงเกษตรของเกษตรกรเอง ตัวอย่างเช่น แปลงเกษตรกรในพื้นที่ จังหวัดอุทัยธานี จังหวัดชัยนาท จะสามารถเก็บจุลินทรีย์ได้จากป่าห้วยขาแข้ง หรือแถวๆ ป่าน้ำตกไซเปอร์ เป็นต้น

เมื่อทำการเก็บเชื้อจุลินทรีย์จากป่ามาแล้ว ต้องนำมาทำการเพาะขยายพันธุ์โดยใช้อาหารเลี้ยงจุลินทรีย์ เพื่อให้เชื้อมีจำนวนมากขึ้น และที่สำคัญควรจะนำจุลินทรีย์ที่เก็บได้ นำมาเลี้ยงร่วมกับจุลินทรีย์ในพื้นที่เกษตรของแปลงเรา เพื่อให้จุลินทรีย์ปรับตัว และมีความสัมพันธ์กับจุลินทรีย์ในพื้นที่ หรือที่เรียกว่า การจับจุลินทรีย์มาแต่งงานกัน เพราะเป็นเรื่องปกติของสิ่งมีชีวิตจากต่างถิ่นกับเจ้าถิ่นเมื่อนำมาอยู่ร่วมกัน มักจะทำร้ายกันหรือกินกันเอง แต่เมื่อนำจุลินทรีย์จาก 2 พื้นที่ มาทำความรู้จักกัน ก็จะเกิดการต่อสู้และผสมพันธุ์กัน จนเกิดเป็นสายพันธุ์ใหม่ในพื้นที่เกษตรแปลงนั้นๆ ทำให้ได้จุลินทรีย์ที่แข็งแรง มีการปรับตัวพัฒนาการอยู่ในพื้นที่นั้นๆ จึงสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ไร่พอใจ เกษตรอินทรีย์ ตั้งอยู่ที่ อำเภอหนองมะโมง จังหวัดชัยนาท ซึ่งอยู่ใกล้อุทยานแห่งชาติห้วยขาแข้ง จึงไปทำการเก็บเชื้อจุลินทรีย์ บริเวณใกล้ๆ พื้นที่ โดยเลือกที่ ป่าน้ำตกไซเปอร์ ซึ่งยังมีความอุดมสมบูรณ์ของป่า และมีสภาพแวดล้อมที่ชุ่มชื้นเหมาะแก่การเจริญเติบโตของเชื้อจุลินทรีย์มาก

สภาพป่าในอุทยานแห่งชาติ น้ำตกไซเปอร์ ยังคงความเป็นธรรมชาติอยู่มาก มีต้นไม้สูงใหญ่ที่มีอายุเกินร้อยกว่าปีให้เห็นอยู่ทั่วไป ที่สำคัญเมื่อมีต้นไม้ล้มหรือโคนหักก็จะปล่อยทิ้งให้ผุพังไปตามธรรมชาติ จุลินทรีย์ในป่าแห่งนี้เลยต้องทำหน้าที่อย่างเต็มที่ และน่าจะขยายสายพันธุ์ได้หลากหลาย เพราะเป็นป่าไผ่ผสมกับป่าไม้เบญจพรรณ โดยมีห้วยน้ำตกไหลผ่าน มีใบไม้ที่ทับสะสมอยู่ทั่วไป บางพื้นที่หน้าถึง 1 ฟุต และได้รับแสงแดดที่เหมาะสม

สำหรับบริเวณพื้นที่ที่จะทำการเก็บเชื้อจุลินทรีย์มาเพาะเพื่อใช้งานนั้น ควรจะเลือกเก็บจากหลายๆ ที่ และต่างระดับความสูงกัน เช่น บริเวณที่สูงที่สุด สูงระดับกลางและต่ำที่สุด เพื่อให้ได้เชื้อจุลินทรีย์ที่หลากหลายสภาวะแวดล้อมของอุณหภูมิ ส่วนแหล่งที่เก็บ ควรจะเก็บเป็นดินบริเวณใต้ใบไม้ที่ทับถมกันเยอะๆ เมื่อดมดูจะมีกลิ่นหอม หากสังเกตุใต้ใบไม้ผุพังนั้นจะมีเส้นใยสีขาวๆ อยู่ ตามป่าไผ่ก็จะมีจุลินทรีย์อยู่หลากหลายเนื่องจากที่รากของไผ่จะปล่อยสารที่มีความหวานซึ่งเป็นอาหารของจุลินทรีย์อย่างดี ท่อนไม้ขอนไม้หรือต้นไม้ที่ล้มอยู่เป็นเวลานาน จะพบว่าถูกย่อยสลายจนผุพัง ไม่ว่าจะมีขนาดใหญ่แค่ไหน จุลินทรีย์ก็สามารถย่อยสลายได้ทั้งสิ้น จุลินทรีย์บริเวณนี้จะสามารถย่อยสลายเศษซากพืชได้เก่ง นอกจากนี้สามารถเก็บได้ตามป่าสนที่มีใบสนร่วงทับถมกันมากๆ ป่าผลัดใบ หรือบริเวณรากหญ้าที่เป็นพงรกๆ

เมื่อได้ดิน เศษขอนไม้ เศษใบไม้ ใบไผ่ที่ผุพัง ที่มีเชื้อจุลินทรีย์ที่แข็งแรงมาแล้ว ต้องนำมาขยายเชื้อก่อนโดยใส่อาหารให้จุลินทรีย์ จุลินทรีย์ที่หลับไหล่จากการจำศิลซึ่งอาจจะเข้าสปอร์อยู่ก็จะตืนขึ้นมาทำกิจกรรม ออกลูกออกหลานขยายพันธุ์กันมากขึ้นไปอีก ซึ่งจะทำให้เราได้จุลินทรีย์ที่มีจำนวนมากพอ เพื่อเอาไปใช้งานได้

ในที่นี้ได้ทำการเก็บเชื้อจุลินทรีย์มาด้วยกัน 4 จุด เนื่องจากไม่ใช่การวิจัย จึงนำเชื้อจุลินทรีย์ทั้ง 4 จุดที่ได้มาผสมกัน เพื่อให้ได้ลักษณะจุลินทรีย์ที่หลากหลาย แล้วนำมาผสมกับใบไผ่ รำละเอียด และกากน้ำตาล โดยมีอัตราส่วนคือ หัวเชื้อที่ได้ 1 กิโลกรัม ใบไผ่ประมาณ 1 กิโลกรัม รำละเอียด 1 กิโลกรัม และกากน้ำตาลผสมน้ำในอัตรา 1 ต่อ 20 คือ น้ำ 20 ลิตร กากน้ำตาล 1 ลิตร ใช้แทนน้ำมาผสมส่วนผสมทั้งหมด โดยอย่าให้แฉะหรือแห้ง ให้มีความชื่นประมาณ 60% เมื่อกำด้วยมือและบีบส่วนผสมให้แน่นดู จะต้องไม่มีน้ำไหลออกมาที่ง่ามนิ้วมือ ให้รู้สึกว่าส่วนผสมมีความชื้นที่พอดีก็พอ

เมื่อคลุกเคล้าจนส่วนผสมเข้ากันและได้ความชื้นที่พอดีแล้ว ให้หมักทิ้งไว้ในตระกร้าคลุมด้วยกระสอบป่านจุ่มน้ำหรือใส่ใว้ในกระสอบพลาสติกที่มีอากาศถ่ายเทได้สะดวก เมื่อเวลาผ่านไป 1-3 วัน จะเริ่มเกิดความร้อนขึ้นสูง ยิ่งมีความร้อนมากก็แสดงว่ามีจำนวนจุลินทรีย์ที่ทำกิจกรรมอยู่มาก หลังจากนั้นก็จะเกิดเส้นใยสีขาวขึ้นทั่วไปในวัสดุผสม ระยะเวลาที่ทำการหมักประมาณ 7 วัน ก็สามารถแบ่งหัวเชื้อจุลินทรีย์ที่ได้ ไปทำน้ำหมักจุลินทรีย์ หรือปุ๋ยหมักต่อไปได้

สิ่งที่ใช้สังเกตุว่ามีจุลินทรีย์อาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก คือลักษณะความร้อนที่เกิดขึ้น ยิ่งมีความร้อนขึ้นสูงยิ่งแสดงให้เห็นถึงจำนวนจุลินทรีย์ที่มีอยู่เป็นจำนวนมากและแข็งแรง หลังจากหมักไป 2-3 วัน จะเริ่มมีเส้นใยสีขาวขึ้น ยิ่งขึ้นมากยิ่งดี ส่วนกลิ่นของส่วนผสมต้องมีกลิ่นหอม ไม่เหม็นอับ หากหมักต่อไปเรื่อยๆ ส่วนผสมจะเริ่มเย็นลง เนื่องจากอาหารที่ใช้เลี้ยงจุลินทรีย์เริ่มหมด เมื่อไม่มีอาหารเชื้อจุลินทรีย์จะเริ่มเข้าสปอร์เพื่อจำศิลรักษาชีวิตรอคอยอาหารต่อไป

การขยายเชื้อจุลินทรีย์แบบน้ำประมาณ 200 ลิตร ให้ใช้หัวเชื้อจุลินทรีย์แห้ง 1 กิโลกรัม กากน้ำตาล 10 กิโลกรัม รำละเอียด 10 กิโลกรัม เริ่มต้นให้เทน้ำลงในถังประมาณ 150 ลิตรก่อน ใส่รำละเอียด กากน้ำตาล และหัวเชื้อจุลินทรีย์ที่เพาะเลี้ยงไว้ คนส่วนผสมทั้งหมดให้เข้ากัน แล้วเติมน้ำให้ได้ 200 ลิตร ปิดฝาให้แน่น หมักทิ้งไว้ประมาณ 7 วัน ก็สามารถนำน้ำหมักที่ได้ไปใช้งานในแปลงเกษตรได้ อัตราการนำไปใช้งานใช้สาดลงในแปลงนา 10-20 ลิตรต่อไร่ ผสมน้ำ 1 ต่อ 20 ฉีดพ่นพืช หรือใช้เป็นหัวเชื้อน้ำเพื่อนำไป ทำน้ำหมักปลา น้ำหมักหอยเชอรี่ ปุ๋ยหมักใบไม้ ฯลฯ

ในกระบวนการหมัก จะเกิดแก๊สมีเทนขึ้นเนื่องจากกิจกรรมของจุลินทรีย์ จึงจำเป็นต้องเปิดฝาถังหมักเพื่อระบายอากาศ หากมีการปิดฝาถังหมักแน่นหนาดีอากาศจะระบายไม่ได้อาจจะเกิดการระเบิดขึ้นได้ ที่ไร่พอใจจะใช้วิธีเจาะรูที่ฝาถัง ใช้สายยางร้อยไปยังขวดบรรจุน้ำซึ่งเจาะฝาไว้เช่นกัน ใส่น้ำในขวดอย่าให้เต็ม พอมีที่ระบายอากาศได้ ส่วนสายยางที่ใส่เข้าไปในขวดน้ำให้จุ่มลงไปในน้ำเลย ระวังอย่าให้น้ำในขวดแห้ง เมื่อเกิดแก็สขึ้นในถังหมัก แก็สจะไปทำปฏิกริยากับน้ำในขวด กลายเป็นคาร์บอนไดออกไซด์ ช่วยลดภาวะโลกร้อนจากแก๊สมีเทนได้

ปุ๋ยหมักแห้งเป็นปุ๋ยอินทรีย์ที่มีธาตุอาหารหลากหลายสำหรับพืชอย่างครบถ้วน หมักจากวัสดุเหลือใช้ในแปลงเกษตรเราเอง หรือเศษอาหารจากห้องครัว ใบพืชผักทุกชนิด ตามสูตรการหมักของไร่พอใจ ใช้เศษใบไม้ทุกชนิด 1 ส่วน (ถ้ามีใบก้ามปู หญ้าขนผสมด้วยจะดีเยี้ยม) มูลสัตว์ 1 ส่วน รำละเอียด 1 ส่วน กากน้ำตาล 1 ส่วน น้ำหมักหัวเชื้อจุลินทรีย์ 1 ส่วน และน้ำ นำส่วนผสมทั้งหมดมาผสมให้เข้ากัน อย่าให้ส่วนผสมแฉะจนเกินไป ให้มีความชื้นอยู่ประมาณ 60% เมื่อใช้มือบีบวัสดุผสมต้องไม่มีน้ำไล่ออกมาที่ง้ามนิ้วมือ

นำส่วนผสมทั้งหมดใส่ตะกร้าพลาสติกที่มีรูระบายอากาศโดยรอบ คลุมด้วยกระสอบป่านจุ่มน้ำ หรือจะเอาวัสดุผสมใส่ลงไปในกระสอบที่ระบายอากาศได้ รักษาความชื่นให้พอเหมาะอย่าให้วัสดุผสมแห้ง ในระหว่างการหมักจะเกิดความร้อนขึ้น ต้องไม่มีกลิ่นเหม็น และบนวัสดุผสมจะมีเส้นใยขาวๆ เกิดขึ้น ให้หมักทิ้งไว้ประมาณ 1-2 เดือน หรือจนกว่ากองวัสดุที่ได้จะเย็นหรือมีต้นพืชงอกขึ้นมาได้ วัสดุที่ได้จะมีสีดำกลิ่นหอมเป็นปุ๋ยหมักคุณภาพสูงพร้อมนำไปใช้งาน

หัวเชื้อจุลินทรีย์ขยายที่เก็บได้จากป่า เป็นหัวเชื้อจุลินทรีย์ที่มีจำนวนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย เป็นเชื้อจุลินทรีย์ตามธรรมชาติที่แข็งแรง ผ่านการวิวัฒนาการในสภาพแวดล้อม อุณหภูมิ อากาศ แสงแดด ฤดูกาล ในพื้นที่มาอย่างยาวนาน เชื้อจุลินทรีย์ที่ได้จึงแข็งแรงมีประสิทธิภาพสูง สามารถย่อยสลายเศษซากพืชซากสัตว์ได้อย่างรวดเร็ว แพร่ขยายพันธุ์ได้เร็วและมีจำนวนที่หลากหลาย การนำไปใช้งาน สามารถนำไปใช้แทนเชื้อจุลินทรีย์ทางการค้าโดยทั่วไปได้เลย นำไปทำน้ำหมักพืชผักได้ทุกชนิด หรือจะนำมาทำน้ำหมักปลา น้ำหมักหอยเชอรี่ก็ได้ ใช้ในกองปุ๋ยหมัก ทำให้กองปุ๋ยย่อยสลายได้เร็วขึ้น ใส่ลงในแปลงนา แปลงเกษตร ทำให้สามารถย่อยสลายเศษซากวัสดุต่างๆ เพื่อเปลี่ยนเป็นปุ๋ยหรือฮอร์โมนสำหรับพืช ทำให้ดินดีดินมีชีวิต เกิดภาวะสมดุลในระบบนิเวศน์ในแปลง ทำให้ไม่ต้องพึงพาปุ๋ยเคมีหรือยาเคมีอีกต่อไป